Utgången från ett fattigt föräldrahem, hade A. endast att lita på sin egen kraft för att komma fram i världen. Genom att dela sin tid mellan egna studier och andras undervisning, beredde han sig medel att vistas i Uppsala där han vann den filosofiska lagern vid promotionen 1809. Två år därefter ingick han på den prästerliga banan och tjänstgjorde några år som e. o. hofpredikant i Stockholm. 1820 blef han notarie i hofkonsistorium samt ordinarie hofpredikant och 1821 kyrkoherde i Enköping, där han lefde i ett halft sekel.
Under sin vistelse i Stockholm fick han besök af den berömde danska språkforskaren Rasmus Kristian Rask, som kort därefter inflyttade i Afzelii hem, och under de tvenne år han uppehöll sig i Stockholm för språkforskning, blef Afzelii säkre vägvisare vid dennes studier i den isländska litteraturen. A. hade 1811 utgifvit en öfversättning af Hervara-sagan, nu framträdde 1818 hans öfversättningar af Sæmundar Eddan och Solar Liòd, öfversättningar, hvilka om än en strängare kritik i dem kan finna åtskilligt att ändra och rätta, likväl i poetisk anda och kraftfullt språk äro mycket förtjänstfulla. Redan som ung hade A. i födelsebygden börjat och fortsatte sedan med allt mera ifver och framgång i vidsträcktare kretsar att från folkets egna läppar uppsamla de svenska folkvisorna, lekarne och sagoäfventyren. Under åren 1814--17 utgaf han i förening med Geijer Svenska Folkvisor, om hvilka Atterbom yttrade: »att man i enhvar af dem förnimmer den »underbara harpan», hvars historia i en af de vackraste utgör både ämnet och titeln.»
Han uppträdde äfven i Iduna
A. var en af de tidigare medlemmarna af Götiska förbundet -- och Atterboms Poetiska kalender med åtskilliga romanser i den svenska folkvisans tonart, bland hvilka »Neckens polska», diktad till den undersköna melodien af samma namn, blifvit nästan en nationalsång och för alltid grundlagt Afzelii skalderykte. Han fortgick under hela sin lefnad på den bana han en gång beträdt: utgaf tid efter annan Den siste Folkungen, sorgespel, 1830; Afsked från Svenska Folksharpan, en ny samling folkvisor och egna sanger i folkvisans diktform 1848, och 1839--1870 Svenska Folkets Sagohäfder ett arbete hvilket -- man må däremot göra hvilka anmärkningar som helst -- alltid kommer att äga betydelse såsom den enda uppteckning vi äga af vår forntidshistoria, sådan hon kvarlefver i folkets eget minne. Belönades af Svenska akademien 1841 med kungliga eller Carl Johanspriset och erhöll 1865 samma akademis stora guldmedalj för litterär förtjänst.
Död i Enköping d. 26 sept. 1871.
Gift 1: 1816 med Sofia Ottiliana Ramsay; 2: 1831 med
Sofia Charlotta Fernbohm, och 3: 1848 med Vilhelmina
Elisabeth Elfström.
