puritanismen utvecklades till ett politiskt parti i parlamentet, som med sin religiösa och kyrkliga opposition mot episkopalismen förenade kampen mot den kungliga suprematien och för parlamentets ökade makt. På 1580-talet började redan motsättningen mellan puritaner och episkopaler vidga sig till motsättningen mellan parlament och kungamakt. En hård strid mot den presbyterianska puritanismen upptogs af kronan och kyrkan. Genom dess öfverdrifter i Martin Marprelate-traktaterna 1588 och genom den engelska samlingen kring Elisabet mot stora armadan s. å. bröts puritanismens segertåg. Tredje skedet i dess historia kom därmed, tillbakagångens tid 1588--1603. Ärkebiskop Whitgift ledde undertryckandet med energi (1593 utvisades alla nonkonformister genom en parlamentslag), under det att den anglikanska kyrkan stärkte sig genom utbildandet af en kraftig anglikansk teologi (Bancroft och Hooker). Hooker blef puritanismens mest betydande teoretiske bekämpare. Cartwrights anhängare återgingo till största delen under kyrkans lydnad och slöto sig alltså till den första formen af puritanism, den konformistiska. De ifrigaste utvandrade. Vid Cartwrights och Elisabets död 1603 funnos inga nonkonformister i England. "The established church" hade segrat. Den konformistiska puritanismen, som sålunda fogat sig i episkopalförfattningen och Common prayer book, utbildade från omkr. 1600 den riktning inom kyrkan, som går under namnet Low church (namnet uppkommet först på 1660-talet). Den utgjorde ett etiskt salt i kyrkolifvet, men fick också ett skimmer af löje öfver sig genom sina kraf på iögonenfallande enkelhet i klädedräkt och extrem sabbatshvila (sabbatarianism); den samlade sig i bekämpande af dryckenskap, svordomar och otukt och i uppmuntran af bibelläsning och familjeandakt. Dess bästa teologiska representanter voro Lewis Bayley och senare Richard Baxter. Dess historiska betydelse låg främst däri, att den hindrade anglikanismens katoliserande tendenser att helt uttränga den protestantiska kärnan i engelska kyrkan. Den kom emellertid från början i konflikt med Stuartarna. När puritanerna till Jakob I 1603 framburo moderata reformkraf (afskaffande af korstecknet, mässkjorta etc. och tillsättande af goda präster) i "the millenary petition", sammankallade han 1604 en konferens till Hampton Court, där puritanerna äfven begärde återupplifvande af "prophesyings", men som slutade med de puritanska önskemålens bryska afvisande och med hänsynslösa undertryckningsbeslut mot puritanerna i konvokationer 1604. Omkr. 300 puritanska präster utdrefvos från sina platser och flydde till Holland. Den under Elisabet vunna kyrkliga enheten var åter bruten. Den halft puritanske ärkebiskop Abbot sökte förgäfves medla. Nya åtgärder tillspetsade steg för steg spänningen, kanske mest konungens "Declaration of sport" 1618, som anbefallde dans, bågskjutning etc. på söndagarna och därför var ett slag i ansiktet på puritanernas sabbatarianism. Puritanismen behöll sig äfven i detta läge hos saktmodiga män såsom Low church inom episkopalkyrkan. Men hos de aggressivare utvecklade den sig under den extremt högkyrkliga Laudska regimen i två olika riktningar. 1) Under Elisabets förföljelse hade den nonkonformistiska puritanismen på en punkt fört de kalvinska tankarna konsekvent ända ut till förkastande äfven af det presbyterianska kyrkosystemet och i stället till separation ur kyrkan och häfdandet af de enskilda församlingarnas fulla frihet från både statsmakt och öfverordnad kyrkomyndighet (se Independenter 1). De engelske dissenters, nykalvinismens (Troeltsch) och den moderna frikyrkorörelsens vagga, började så med 1500-talets slut. Nu kommo de till Holland flyktande puritanerna i närmare beröring med dessa dissenters och lärde af dem den kongregationalistiska kyrkoprincipen. Men då puritanerna ej ville bli separatister, modifierade de principen så, att det fortfarande skulle vara statskyrka, en statens öfverhöghet öfver kyrkan; men inom kyrkan skulle icke finnas öfver- och underordnade myndigheter eller privilegieradt prästerskap, utan blott rent independentiska församlingar, som finge ordna med sin kult och tro bäst de gitte. Så uppstod omkr. 1608 den independentiska puritanismen inom anglikanska kyrkan, hvilken väl är att skilja från den sekteriska independentismen, hvilken senare med orätt ensam fått taga till sig namnet independenter eller kongregationalister. Till denna independentiska (ej sekteriska) puritanism hörde John Robinson, rörelsens egentlige organisatör i Leiden, och "pilgrimsfäderna", hvilka 1620 gjorde den berömda resan öfver Atlanten på Mayflower. I Amerika utvecklade sig denna form af puritanism vidare och blef härskande. Men den vann äfven enstaka församlingar i England. 2) Hufvudmassan af puritanerna i England gick en annan väg. Under hånet och förföljelsen från kyrkans sida ej blott skärpte de rigorismen i de yttre sedvänjorna till den typ, som nu vanligen förbindes med "puritanen". De drefvos att åter forma sig som politisk opposition mot det kyrkan stödjande absolutistiska stuartska konungadömet. Puritanism och folkets bestämmanderätt genom parlamentet sammansmältes nu helt. Och då de engelske puritanerna i sin politiska opposition måste söka stöd hos skottarna, där presbyterianismen härskade, så fylldes de åter alltmera med det presbyterianska statskyrkoidealet. När den öppna striden utbröt under Karl I, funnos alltså bredvid katoliker, höganglikaner och dissenters (mest baptister) tre former af puritanism: 1) den gamla konformistiska, numera Low church, 2) den independentiska, 3) den presbyterianska politiska. Närmast segrade den sistnämnda grenen af puritanismen, som hade sitt hufvudsäte i "långa parlamentet"; dess stora triumf var synoden i Westminster, som 1643 gaf Englands kyrka presbyteriansk författning, och parlamentets bekräftelse härpå och förbud mot biskopsämbetet 1646. I Westminster-konfessionen framlades också en kalvinsk puritansk trosbekännelse. Men den nya kyrkoordningen hann aldrig genomföras, innan den presbyterianska puritanismen undanträngdes af den genom amerikanska återinvandrare väldigt stärkta independentiska puritanismen under Cromwell och Milton. Upplösningen af Barebone-parlamentet, hvilket var presbyterianismens sista försök att regera England, betecknade den senares fulla seger. Så införde Cromwell sin kyrkoordning, som är ett unicum i historien, med en statskyrka utan någon annan konfession än den negativt antikatolska och med själfständiga församlingar ledda