Ett torn i v. på fasadens midt, liksom på domkyrkorna i Strängnäs och Västerås, synes ha varit påtänkt. Om tiden för de båda tvillingtornens tillkomst äro åsikterna växlande; troligt är, att de blifvit byggda först under 1400-talets senare hälft. Kyrkan skadades flera gånger af eld. Efter branden 1572 iståndsattes den af Johan III; tornen fingo då spiror. En af dessa blåste ned 1609 och vållade skador i kyrkans tak och i hvalfven. 1613--20 uppfördes af Gerhard De Besche (se De Besche 3) nya tornspiror i barockstil, ganska praktfulla med svängda konturer, kransar af smågaflar, dubbla lanterniner. En ny takryttare i samma stil uppsattes, likaså flera smärre spiror, äfven på sträfpelarna omkring midtskeppet. Kyrkan fick under 1600-talet det utseende, som vi känna från afbildningarna hos Peringskiöld och från Erik Dahlberghs "Suecia" (se fig. 1).

Fig. 1. Södra fasaden 1619--1702.

Vid Uppsala brand 1702 led domkyrkan mycket stor skada. Förstörda blefvo de granna tornspirorna, taket, hvalfven och en stor del af inredningen, däribland den gamla altarprydnaden, som i träsnideri framställde Jesu födelse och passionshistorien, vidare predikstolen, orgelverket, det astronomiska urverket m. m. Kyrkan stod som en ruin. Efter ett år började man arbeta på dess återställande, och 1707 kunde den åter upplåtas för gudstjänst, men färdig kunde den ej kallas. Penningmedlen tröto; man måste inskränka sig till de mest nödvändiga åtgärder. De många "små onyttiga tornen" borttogos jämte sträfbågarna, det ena tornet fick en simpel huf af trä, det andra hade ett platt trätak. Kyrkans inre hade redan 1650 blifvit hvitstruket; flera af monumenten hade blifvit skadade under branden. Men nu tillkommo ett par prydnadsföremål af största effekt, predikstolen (beställd 1707), ett praktstycke i rik barock, efter ritning af N. Tessin d. y., snidadt i trä af B. Precht (se denne), med rika reliefer (Bergspredikan och Himmelsfärden) och fristående figurer (se afbildning i art. Predikstol, sp. 154), och altarverket (invigdt 1731), likaledes af Precht, komponeradt efter förebild af Pozzos altarverk i Gesùkyrkan i Rom och utfördt i trä. Rosverket i långhusets fönster borttogs. 1747 tillkommo tornens lanterniner (af Hårleman). Kyrkan hade nu det utseende, som den sedan fick behålla till ombyggnaden på 1880-talet (se fig. 2), med tvärskeppens gaflar ej längre spetsiga, utan vågrätt afslutade, sträfbågarna ersatta af inåtsvängda bågar, som verkade snarare tyngande än bärande, men tornen hade kvar sin gamla form med de tunga sträfvorna och sin prydnad af blindnischer, blindbågar och sicksacklinjer, hvita i den mörka tegelytan.

Fig. 2. Södra fasaden 1747--1886.

Följde så den moderna restaurationen. Initiativet togs af ärkebiskop A. N. Sundberg. Kyrkan blef uppmätt och aftecknad 1873--74 af arkitekten K. Grundström, och 1875 framlade arkitekten H. Zetterwall ett förslag, "som gick ut på att ge kyrkan en helt och hållet nordfransk typ". Öfverintendentsämbetet förkastade detta af domkapitlet gillade förslag, och Grundström inlämnade till K. M:t ett utkast till kyrkans återställande, sådan den var före branden 1702, sålunda med bevarande af dess förvantskap i stil och resning med nordtyska tegelkyrkor. Zetterwall framlade 1876 ett nytt, modifieradt förslag, mot hvilket Öfverintendentsämbetet 1878 satte Grundströms nu fullt genomförda ritningar. Frågan hvilade till 1882, då Zetterwall, som blifvit öfverintendent, på kunglig befallning åter upptog den. Det nya förslag han framställde godkändes af konungen och af domkapitlet och framlades för riksdagen 1885. Riksdagen beviljade ett anslag af 500,000 kr. Arbetet började i nov. s. å. under ledning af arkitekten E. V. Langlet och under Zetterwalls öfverinseende. 1892 kunde kyrkan åter öppnas för gudstjänst, och vid 1893 års jubelfest till firande af Uppsala mötes 300-årsminne var ombyggnadsarbetet afslutadt. Kostnaderna hade uppgått till 1,159,857 kr. Staten hade lämnat 500,000 kr.,