1547. -- Påfvel Schütz hade 1544 uppgjort skamplun till befästning vid Uppsala och till grundstenen till slottet. 1548 lades grunden till sydvästra tornet. Byggets ledare var Henrik von Cöllen, som förut ledt arbetena på Gripsholm. Han efterträddes 1550 af nämnde Påfvel Schütz. Den byggnad, som då uppfördes, utgjorde den sydliga längan af det nuv. slottet samt dess nu längesedan nedrifna fortsättning åt v. Det ursprungliga slottets längdriktning gick alltså från ö. till v. och flankerades af två framskjutande runda torn. Norr om slottet var en stor förborg, omsluten af murar och med två bastioner, af hvilka ansenliga lämningar ännu finnas kvar -- däribland "Styrbiskop" vid slottsgårdens norra del. Under Erik XIV:s första regeringsår voro inredningsarbeten i gång. De afstannade snart, men återupptogos senast 1567. Vid Uppsala brand 1572 led slottet stor skada. Johan III gaf s. å. den från Mecklenburg inflyttade arkitekten Franciscus Pahr (se Pahr 2) i uppdrag att återställa det afbrända slottet. Pahr hade förut byggt slottet i Güstrow, och till detta ansluta sig åtskilliga detaljer i Uppsalabygget, bl. a. södra längans portal,

Fig. 1. "Kung Jans port".

"kung Jans port", som fortfarande kvarstår (fig. 1). Slottets förnämsta rum voro kyrkan, som upptog södra längans midtparti och gick igenom tre våningar, och den därinvid belägna tronsalen. Af dessa salars dekorering äro intressanta rester bevarade -- ornamental och figural vägg-, fönster- och portalornering i stuck. I gamla beskrifningar prisas de rikt sirade stucktaken. Det östra tornet stod under arbete, då Pahr afled, 1580. Bygget (som sedan 1580 leddes af Antonius Watz, sedan 1603 af Henrik von der Hufue, sedan 1608 af Bryngel Jonsson och sedan 1616 af Gerhard De Besche) fortskred under Karl IX och Gustaf II Adolf. Då tillkom "långslottet", som sträckte sig från östra tornet norrut. Det är denna länga, som nu utgör slottets hufvudfasad; den afslutades med det norra tornet, som stod färdigt 1614. Under Kristina inreddes slottet prydligt och praktfullt. I rikssalen i dess sydöstra hörn afsade hon sig regeringen inför ständerna 6 juni 1654. 1665 anlades den stora trädgården v. om slottet (nuv. Botaniska trädgården) efter plan af O. Rudbeck d. ä. Ritningar till slottets restaurerande, utförda af honom eller på hans initiativ, finnas från omkr. samma tid. Om slottets utseende under senare delen af 1600-talet ge Dahlberghs teckningar till bilden i Sueciæ-verket en god föreställning (se fig. 14 i art. Uppsala). Med sin höga takresning och sina tre kupoltäckta torn med höga spiror reste sig dess byggnadsmassa kraftigt och verkningsfullt. Slottets murar voro hvitrappade, taket rödt, tornen klädda med rustik dekorering. 16 maj 1702 ödelades hela slottet vid den stora brand, som hemsökte Uppsala. Att återställa det ansågs omöjligt; under den följande tiden användes tegel ur de gamla kvarstående murarna till hospitalsbygget i Uppsala och till Stockholms nya slott, det sydvästra tornet nedrefs h. o. h. -- "Gröna kullen" utvisar platsen, där det stått, grundmurarna ha i våra dagar varit uppgräfda -- likaså refs inemot hälften af södra längan, slottets äldsta del. 1744 beslöt dåv. arfprinsen Adolf Fredrik vid ett besök i Uppsala att återställa slottets kvarstående delar. Enligt ritningar af Hårleman återuppfördes småningom långslottet och norra tornet. Anslag till arbetet lämnades först af Adolf Fredrik, sedermera af riksdagen från 1749 till 1762, då arbetena h. o. h. afstannade. Af södra tornet voro då två våningar uppmurade. Från Gustaf III:s tid finnas förslagsritningar uppgjorda af Desprez till om- och tillbyggnad af slottet, som där står på en ståtlig terrass och som prydes af 8 kupoltäckta torn, men som ändå ter sig skäligen torrt. (Likheten är slående mellan dessa ritningar och de ungefär samtida projekten till ombyggnad af Gripsholm, som uppges vara uppgjorda af Gustaf III själf.) 1815--20 fullbordades södra tornet, som sedan användes till länsfängelse ända till 1866.

Fig. 2. Uppsala slott och slottsdammen ("svandammen").

I sitt nuv. skick (se fig. 2), med sina släta rödputsade murar, sitt låga tak och tornens kalotthufvar afslutade med en enkel knopp ger slottet ingen föreställning om sitt gamla utseende, det imponerar dock fortfarande genom sitt dominerande läge och sin byggnadsmassa. Det har under senare tid användts till landshöfdingresidens och till lokaler för olika ämbetsverk. I slottets sydvästra del är sedan 1903 inrymdt ett landsarkiv. 1905 inreddes för landstinget en ståtlig, hvälfd sal i norra tornet samt för landshöfdingen en ny våning